芹菜屬耐寒性蔬菜，在-1～-2℃，—般可以貯藏2～3個月。如果溫度過低，容易受凍，蔫掉。貯藏芹菜的相對濕度以98％為宜，冷庫貯藏中，用帶孔的塑料膜襯墊的紙箱或開口的塑料包裝袋，可以保持高濕，減少水分損失。貯藏中要求空氣流暢，避免呼吸熱累積。
氣調庫儲存能保持芹菜新鮮的色澤和營養，現在蔬菜絕大部分都是用冷庫儲存，自家的老方法儲存損耗太大，而且儲存的蔬菜質量會下降。
貯藏芹菜多選擇實心色綠的品種，這種品種耐寒力較強．較耐擠壓，經過貯藏后仍能較好地保持脆嫩的品質。空心類型品種貯藏后葉柄變糠，纖維增多，質地粗糙，不宜用來貯藏。
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